2018年至今 中国科学院北京基因组研究所 研究员

2010年至2018年 美国冷泉港实验室 博士后研究员

　　遗传和表观遗传信息在子代精确稳定传递，是维持真核生物体生存的关键。基因组不稳定性影响衰老进程、肿瘤发生和肿瘤细胞异质性，其中表观遗传调控也起着重要作用。有别于DNA损伤修复机制的传统研究，课题组致力于拓展生物体如何通过对不同层次分子事件的调控来避免DNA发生损伤这一前沿领域新方向，阐明维护基因组稳定性的新机制。基因组转录和复制作为染色质生命活动的两个核心事件，传统方法上多作为独立的事件被分别研究，而这两者之间相互作用的重要性正在得到学界越来越广泛的重视。当转录和复制发生碰撞时，被阻滞的复制叉需要被稳定以便再次激活而完成复制，同时被滞留的RNA聚合酶（RNAP）需要被释放而不再成为复制叉前行的阻碍。在病理学上，两者碰撞导致染色体断裂而产生多种脆性位点，是其对基因组不稳定性发生作用的直接反映。在这一新兴的交叉领域，有许多亟待研究和解答的问题，其中通过表观遗传机机制化解复制和转录碰撞是一个创新型角度，其机制也是关键科学问题。对其深入探讨不仅在基础生命科学研究领域，同时对于人类疾病防治策略都具有重要的意义。

　　课题组研究方向主要包括：

　　1.解析转录和复制碰撞中维护基因组稳定性的表观遗传机理及在精准医学中的应用；

　　2.探索RNA介导的染色质调控在干细胞和衰老中的应用；

　　3.研发表观遗传、基因组功能分析的多维组学体系和单分子测序新技术。

1. 中国科学院A类战略性先导科技专项，静息期造血干细胞调控器官再生机制研究，2018/9-2022/11,在研，子课题负责人；

2. 国家自然科学基金面上项目，RNA m6A调控R-loop结构稳态作用机制研究，2020/01-2023/12,在研，主持；

3. 国家重点研发计划“发育编程及其代谢调节”重点专项，揭示新型核糖核酸修饰的调控与代谢规律，2019/12-2024/11，在研，任务负责人。

1. He M, Chi X, Ren J#. Applications of Oxford Nanopore Sequencing in Schizosaccharomyces pombe. Methods Molecular Biology, Vol. 2196, in press

2. Liu M & Ren J#. Long noncoding RNAs in renal diseases. ExRNA, 2019 Dec; 1(27); https://doi.org/10.1186/s41544-019-0033-x

3. Yang X, Liu QL, Xu W, Zhang YC, Yang Y, Ju LF, Chen J, Chen YS, Li K, Ren J#, Sun QW#, Yang YG# (# co-corresponding author). m6A promotes R-loop formation to facilitate transcription termination. Cell Research, 2019 Oct; 29(12):1035-1038

4. Zhu K, Liu M, Fu Z, Liang H, Lin Z; Luo J; Zheng H, Wan P, Zhou Z, Zhang J, Zen K, Chen J#, Hu F#, Zhang C#, Ren J#, Chen X# (# co-corresponding author). Plant microRNAs in larval food regulate honeybee caste development. PLOS Genetics, 2017 Aug; DOI: 10.1371/journal.pgen.1006946

5. Ren J, Castel S, Martienssen R. Dicer in action at replication-transcription collisions. Molecular & Cellular Oncology, 2015 Mar; 2(3); DOI:10.4161/23723556.2014.991224

6. Castel S*, Ren J*, Bhattacharjee S, Chang A, Sánchez M, Valbuena A, Antequera F, Martienssen R (* co-first author). Dicer promotes transcription termination at sites of replication stress to maintain genomic stability. Cell, 2014 Oct; 159(3);572-83

7. Ren J, Martienssen R. Silent decision: Swi6 escort heterochromatic RNA to their destiny. EMBO Journal, 2012 Aug;31(15):3237-8

8. Zaratiegui M, Castel S*, Irvine DV*, Kloc A*, Ren J*, Li F, Castro E, Marin L, Chang A, Goto D, Cande WZ, Antequera F, Arcangioli B & Martienssen R (* equal contribution, listed alphabetically). RNAi promotes heterochromatic silencing through replication-coupled release of RNA pol II. Nature, 2011 Oct; 479(7371):135-138

9. Ren J, Wang CL & Sternglanz R. Promoter strength influences the S phase requirement for establishment of silencing at the Saccharomyces cerevisiae silent mating type Loci. Genetics, 2010 Oct; 186(2):551-60 (Issue highlight)