| |
| 负责人简历: |
| |
陈非博士,现任中国科学院北京基因组研究所研究员,博士生导师。1996年毕业于四川大学生物工程系,2003年获得吉林大学生物化学与分子生物学专业理学博士学位。2001年至2005年在吉林大学生命科学院分子酶学工程教育部重点实验室历任助教、讲师。2005年至2006年六月在美国佛罗里达大学化学系做博士后,师从现代合成生物学创始人之一Steven A Benner教授。2006年至2011年8月陈博士加入由Steven A Benner创立的美国应用分子进化基金会 (FfAME),历任研究员,高级研究员。2011年9月入选中国科学院 “百人计划”,受聘为中国科学院北京基因组研究所研究员。 多年以来,陈非博士主要从事核酸化学领域的研究工作,期间在PNAS,JACS,Angew Chem,以及Nucleic Acid Res等国际著名生物和化学领域顶级期刊均有文章发表,并获得专利4项(国际专利两项,美国专利一项,中国专利一项)。 近年来,陈博士主要从事核苷酸类似物在生物、医药领域的应用研究工作,参与研发并商品化了多种具有特殊生物学功能的核苷酸类似物:包括AEGIS, SAMRS,以及二代测序替代试剂(3’-ONH2可逆性末端终止核苷酸)和相应的嗜热DNA聚合酶突变株。
|
| 项目组研究方向、简介: |
| |
1、测序试剂(包括荧光底物和相关聚合酶)的研发。DNA测序技术是生命科学研究的最核心技术之一,目前国内拥有数百台一、二代测序仪,测序试剂全部依赖进口,每年耗资数十亿元。陈非博士具有多年二代测序试剂的研发经历,目前正在进行一代测序试剂盒bigdye,二代高通量测序仪illumina Solexa以及Roch-454测序替代试剂盒的研发。
2、两种人工合成模拟DNA遗传系统AEGIS和SAMRS的生物学功能研究及应用。AEGIS仅自己两两配对,而不和天然碱基配对;SAMRS则相反,只和天然碱基配对,而自身不配对。
3、基于人工合成的模拟DNA的疾病诊断及法医痕量DNA检验试剂盒的研发。
4、新型核苷类抗病毒药物(NRTIs)的研发。
5、RNA修饰的表观遗传学研究:目前已知的RNA修饰超过100种,除了研究比较多的甲基化和羟甲基化外,绝大多数RNA修饰的生物学功能尚不是很清楚。(大量的文献报道表明,在生物体的生命周期中,绝大多数基因组DNA(可高达80-90%)会被转录为前体RNA(其中包含大量的非编码RNA),而最终只有极少数经编辑剪切后成为mRNA(<10 %)。本课题组将从核酸化学的角度,在全基因组、转录组的水平上来研究这些RNA修饰对生命现象的影响。
|
| 负责人代表论著: |
| |
1. Yang, ZY., Chen, F.*, Brian, JA., Benner, SA. Amplification, Mutation, and Sequencing of a Six-Letter Synthetic Genetic System. (2011) J Am Chem Soc. 133(38), 15105-12. (*Co-First Author). 2. Chen, F., Yang ZY, Yan MC, Brian JA, Wang GG, Benner SA. Recognition of an expanded genetic alphabet by type-II restriction endonucleases and their application to analyze polymerase fidelity. (2011) Nucleic Acid Res. 39 (9), 3949-61. 3. Chen, F., Gaucher, E. A., Leal, N. A., Hutter, D., Havemann, S. A., Govindarajan, S., Ortlund, E. A., Benner, S. A. (2010) Reconstructed evolutionary adaptive paths give polymerases accepting reversible terminators for sequencing and SNP detection. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 107, 1948-1953. 4. Yang, Z., Chen, F., Chamberlin, S. G., Benner, S. A. (2010) Expanded genetic alphabets in the polymerase chain reaction. Angew. Chem. Int. Edit 49, 177-180. (IF=12.730, 2010). 5. Hoshika, S., Chen, F., Leal, N., Benner, S.A. (2010) Artificial genetic systems. Self-avoiding DNA in PCR and multiplexed PCR. Angew. Chem. Int. Edit 49, 5554-5557 (IF=12.730, 2010). 6. Benner, S. A., Chen, F., Yang, Z. Y. (2011) Synthetic Biology, Tinkering Biology, and Artificial Biology: A Perspective from Chemistry. pp. 69-106. In Luisi, P. L., ed. Chemical Synthetic Biology, Cambridge University pp. 69 - 106. 7. Hutter, D., Kim, M.J., Karalkar, N., Leal, N., Chen, F., Guggenheim, E., Visalakski, V., Olejnik, J., Gordon, S., Benner, S.A. (2010) Labeled nucleoside triphosphates with reversibly terminating aminoalkoxyl groups. Nucleos. Nucleot. Nucl. Acids 29, 879-895. 8. Benner, S. A., Yang, Z., Chen, F. Synthetic biology, tinkering biology, and artificial biology. What are we learning. (2010) Comptes Rendus 14, 372-387. 9. Hoshika, S., Chen, F., Leal, NA., Benner, SA. Self-Avoiding Molecular Recognition Systems (SAMRS). (2008) Nucleic Acids Symp Ser (Oxf). 52, 129-30. 10. Chen, F., Li, Z., Yang, S., Wang, RJ., Liu, B., Song, YM., Sun, YH., Hao, DY. and Wang, XP. Inhibition of Ampicillin-resistance in bacteria by modified DNAzymes. (2008) Chem Res. Chinese U. 24(4), 491-5. 11. Chen, F., Wang, R., Li, Z, Liu, B., Wang, XP., Sun, YH., Hao, DY., and Zhang, J. A novel replicating circular DNAzyme. (2004) Nucleic Acid Res, 32(8), 2336-2341. 12. Chen, F., Li, Z., Wang, R.J., Liu, B., Zeng, Z., Zhang, H.Y., Zhang, J. Inhibition of Ampicillin-resistant bacteria by novel mono- and di-DNAzymes targeted to β-lactamase mRNA. (2004) Oligonucleotides, 14(2), 80-89.
专利: 1. Steven A Benner, Daniel Hutter, Nicole A Leal, Fei Chen. Reagents for reversibly terminating primer extension. US Patent: 12383776 (2009). 2. Steven A Benner, Shuichi Hoshika, Fei Chen. Self-avoiding molecular recognition systems in DNA amplification. PCT Patent: US2009 004718 (2009); US Patent: 12229159 (2008). 3. Steven A Benner, Fei Chen, Zunyi Yang. Polymerase Incorporation of Non-Standard Nucleotides. PCT Patent: US2009 003595 (2009); US Patent12999138 (2010). 4. 张今,陈非,王晓平,孔祥铎,苟小军,朱师珍,李爽,“环状结构核酶、脱氧核酶及其应用”,中国专利,申请号:CN02109145.5 公开号:CN1377861。
|
|